Penijõe matkarada saab alguse Matsalu rahvuspargi külastuskekuse lähistelt. Matkaraja suureks eeliseks on võimalus valida erineva pikkusega marsruutide vahel. Nii võib matka pikkuseks vastavalt soovile olla 3–7 km.
Linnuhuvilisele on Penijõe matkarada kõige põnevam külastada aprillis ning mais. Siin saab vaadelda erinevaid rannaniitude, roostike ning Matsalu lahega seotud linnuliike. Kuna mitmed linnud on üsna peidulised, siis tasub matkajal aeg-ajalt ka peatuda ning kuulatada. Näiteks võib Penijõe matkarajal kevadeti kuulda varjulist roostikulindu hüüpi või tikutaja ehk taevasiku möhitavat häält.